L'arredo delle sale propone un ambiente che intende essere piacevole e luminoso, che comunichi le informazioni scientifiche senza perdere la carica emotiva che una visita museale dovrebbe sempre evocare. Considerando gli ambienti piccoli e il soffitto basso, le pareti hanno un colore chiaro, verde nella parte preistorica, ocra in quella protostorica e un rosso mattone per la parte romana.
Il pavimento è in grandi riquadri di colore grigio medio. L'illuminazione è fornita da tesate poste in ogni ambiente che ospitano sia i corpi lampada che la possibilità di collegamento per le vetrine espositive.
La vetrina tipo è costituita da un corpo autonomo a base rettangolare in cristallo e componenti metalliche in grigio chiaro, con un ripiano espositivo unico e un cappello che ospita l'illuminazione interna in moduli LED. Le due grandi pareti in cristallo hanno la fascia sottostante il piano espositivo e quella corrispondente al capello con una finitura satinata: lo spazio sottostante è destinato a piccolo magazzino e la semitrasparenza della satinatura lascia intravvedere la presenza di altri reperti, creando un gioco di rimandi tra materiale esposto e materiale conservato, tra esposizione e studio scientifico.
Accanto a queste, vetrine appese a muro hanno il compito di integrare il percorso espositivo, soprattutto nelle sale dove il pavimento diventa esso stesso contesto espositivo, limitando la possibilità di collocare le vetrine base. Rimane analoga la linea progettuale (dimensioni del fronte espositivo, materiali), è prevista anche una versione più piccola destinata a contenere anche oggetti singoli che richiedono un'attenzione particolare.
Il pavimento assume un ruolo espositivo in alcune sale: nella sala 0, la superficie è composta da una cartina geografica del territorio, sul quale i visitatori possono camminare; nelle sale 2 e 3 viene sfruttata l'intercapedine del pavimento per collocare vetrine la cui superficie trasparente coincide con il piano di calpestio: nella sala 2 ospita la ricostruzione di un pozzetto, nella sala 3 due sepolture. In sala 4 la superficie diventa più ampia e diventa l'evocazione del piano lacustre, con al fondo una distesa di reperti su un letto di sabbia: al centro della stanza una “passatoia” in legno evoca la sensazione di calpestare il pavimento di una palafitta.
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